Za prezydentury Franklina Delano Roosevelta Biuro zostało podniesione do rangi Wydziału Śledczego. Prezydent Roosevelt udzielił poparcia zmianom legislacyjnym, zapewniającym Hooverowi większy element swobody działania, co znalazło wyraz wewnątrz utworzeniu do wnętrza lipcu 1935 roku Federalnego Biura Śledczego. Mimo że uwagę opinii publicznej starano się przydzielić przede wszystkim na zwalczanie wskroś Biuro przestępczości zorganizowanej, Hoover w życiu nie zaprzestał krucjaty przeciwko elementom wywrotowym. Zyskał wsparcie Roosevelta, który w tajemnicy zlecił mu zadanie się wywiadem wewnętrznym, w środku tym gromadzeniem informacji o izolacjonistach. W czerwcu 1939 roku, także w środku najgłębszej tajemnicy, prezydent polecił wszystkim amerykańskim agencjom rządowym udzielić FBI dane mogące dysponować prostolinijny czyli pośredni związek z działalnością szpiegowską, antyszpiegowską czyli sabotażem.