Od roku 1955 do 1975 Federalne Biuro Śledcze przeprowadziło 740 tysięcy dochodzeń w środku sprawach dotyczących działalności wywrotowej. Zdołało w środku tym czasie nagromadzić 6,5 miliona dossier sporządzonych na podstawie informacji wywiadu wewnętrznego. Większość dossier powstała wewnątrz ramach operacji (programu) COINTELPRO, co po prostu znaczy „Program Kontrwywiadowczy” – COunter INTELligence PROgram. Realizację programu COINTELPRO rozpoczęto w środku 1955 roku, podczas gdy przełożony FBI Hoover oznajmił Radzie Bezpieczeństwa Narodowego (National Security Council), że jest w środku posiadaniu planu infiltracji, penetracji oraz rozbicia Komunistycznej Partii Stanów Zjednoczonych (Communist Party of the United States of America – CPUSA). Koncepcja planu miała zawierzyć nie zaledwie na tropieniu członków, przeciwnie na całkowitym zniszczeniu samej partii, miało to siłą rzeczy uniemożliwić jej członkom postępowanie działalności szpiegowskiej.
Operacja COINTELPRO żwawo przekroczyła określone granice, lub infiltrację CPUSA. Hoover zalecił swoim agentom monitorowanie działalności wszystkich organizacji, które (jego zdaniem) mogły wichrzyć się na przeszkodzie realizacji celów politycznych władz USA. Wkrótce programem COINTELPRO objęto takie ugrupowania w charakterze m.in. Socjalistyczna Partia Robotników (Socialist Workers Party), Ku Klux Klan (KKK), Amerykańska Partia Nazistowska, Weathermen plus ugrupowania murzyńskie jako Czarne Pantery innymi słowy Konferencja Przywódców Chrześcijan z Południa (Southern Christian Leadership Conference (SCLC)) dra Martin Luther Kinga.
W miarę nasilenia się protestów przeciwko wojnie do wnętrza Wietnamie celem programu COINTELPRO ustalony się przede wszystkim ugrupowania antywojenne.