W okresie II wojny światowej Federalne Biuro Śledcze stało się najważniejszą agencją do wnętrza USA, zajmującą się tropieniem szpiegostwa. W przeciwieństwie do lat I wojny światowej, tym łącznie FBI udało się układać się parę efektownych operacji kontrwywiadowczych. W 1940 roku FBI liczyło 898 agentów, i wewnątrz 1945 roku było ich przedtem 4886. Błyskawiczny powiększenie FBI zawdzięcza kilku czynnikom, m.in. ciągłemu rozszerzaniu zakresu kategorii wykroczeń traktowanych wskroś system prawny amerykańskie w charakterze przestępstwa federalne, fali szpiegostwa wojennego (zwłaszcza niemieckiego), dodatkowo zakulisowym zabiegom Hoovera w środku Kongresie, które przyczyniły się zarówno do umocnienia jego autorytetu osobistego, w charakterze oraz zaufania kongresmenów do Biura.
W wydanej do wnętrza 1934 roku ustawie o łączności Kongres zabraniał stosowania podsłuchu telefonicznego, FBI uciekało się tymczasem w wielu przypadkach do takiej praktyki, dodatkowo to zbyt przyzwoleniem Departamentu Sprawiedliwości, wobec który podlegało. Departament Sprawiedliwości orzekł, że ustawa zabrania nie tyle samego podsłuchu, co ujawniania uzyskanych za sprawą niemu informacji. W maju 1940 roku prezydent Roosevelt wydał zakulisowy okólnik zezwalający na podkładanie podsłuchu telefonicznego u osób podejrzanych o inicjatywa wywrotową. Gdy 1 września 1939 roku w środku Europie wybuchła II wojna światowa, Hoover zalecił wszystkim biurom terenowym FBI sporządzenie raportów na kwestia obywateli o sympatiach proniemieckich, prowłoskich lub prokomunistycznych. Ich nazwiska miały istnieć wpisane na listę osób przeznaczonych do internowania, ażeby wolno je było bez trudu odnaleźć, jak Wuj Sam Zjednoczone przystąpią do wojny światowej. Hoover zezwalał też na przeprowadzanie włamań do mieszkań prywatnych oraz rewizji bez zezwolenia sądowego. W ramach przygotowania społeczeństwa amerykańskiego do udziału kraju do wnętrza wojnie, prezydent Roosevelt nakazał lokalnym departamentom policji przenosić FBI wszelkiego rodzaju informacje o szpiegostwie dodatkowo działalności wywrotowej. Prezydent nakazał podobnie FBI, żeby działało w charakterze instytucja koordynująca pracę wszystkich instytucji cywilnych, gromadzących informacje związane z ruchami wywrotowymi.